Vào tháng 4 năm 1688, nhà vua tái ban hành bản Tuyên ngôn Đặc ân, sau đó ông truyền lệnh cho giới tăng lữ Anh giáo phải đọc bản Tuyên ngôn tại các Nhà thờ của họ.[101] Khi bảy vị Giám mục, trong số đó Tổng Giám mục của Canterbury, đệ đơn thỉnh cầu nhà vua xét lại các chính sách tôn giáo, họ bị bắt sống và bị kết tội xúi dục bạo loạn.[102] Quần chúng lại còn bức xúc hơn khi Hoàng hậu Mary sinh hạ một cậu con trai và Thái tử theo Công giáo, James Francis Edward vào ngày 10 tháng 6 vào năm đó.[103] Khi hai người có khả năng kế vị duy nhất của James là hai cô con gái Kháng Cách của ông, các tín đồ Anh giáo có thể xem các chính sách trọng Công giáo của ông là chuyện lạ nhất thời, nhưng khi sự ra đời của Thái tử đem lại khả năng một Vương triều Công giáo vững chắc lên trị vì Anh Quốc, các tín đồ Anh giáo phải xét lại vị thế của họ.[104] Lo sợ một Vương triều Công giáo lên ngôi, một số người Kháng Cách "tai to mặt lớn" tuyên bố vị Thái tử bé bỏng là "kẻ mạo danh" và đã được đưa lên giường ngủ của Hoàng hậu trong một cái lò sưởi ấm.[105] Họ vốn đã tiến hành thỏa thuận với Vương công William xứ Orange, khi mọi người đều biết Hoàng hậu có thai, và sự ra đời của con trai James đã làm cho họ có thêm lý lẽ.[106]

Ngày 30 tháng 6 năm 1688, một nhóm bảy quý tộc Kháng Cách mời Vương công xứ Orange mang quân đến Anh Quốc.[107] Vào tháng 9, tình hình trở nên rõ ràng là William sẽ chinh phạt Anh Quốc.[108] Vua James II tin rằng Quân đội của ông có đủ khả năng, do đó ông từ chối sự hỗ trợ của vua Louis XIV, vì lo sợ rằng nhân dân Anh sẽ phản đối sự can thiệp của Pháp.[108] Khi William tiến đánh vào ngày 5 tháng 11 năm 1688, nhiều viên sĩ quan theo Kháng Cách, trong số đó có John Churchill, đào ngũ và theo về William, không những thế con gái của James là Công chúa Anne cũng làm việc tương tự.[109] Nhà vua không đủ can đảm và không dám tấn công đội quân của William xứ Orange, dù Quân đội của ông có ưng thế vượt trội về quân số.[110] Vào ngày 11 tháng 12 năm 1688, James tìm cách chạy trốn sang Pháp, đầu tiên ông vứt bỏ ấn tín xuống dòng sông Thames.[111] James bị bắt sống tại Kent; sau đó, ông được thả ra và được người Hà Lan bảo vệ. Vương công xứ Orange không hề muốn James trở thành Thánh tử vì đạo nên cho phép James chạy trốn vào ngày 23 tháng 12.[111] Người anh họ và đồng minh của ông - Louis XIV đón chào James, cho ông sống trong một cung điện và ban tiền trợ cấp.

William triệu tập một Quốc hội Quy ước (Convention Parliament), để quyết định cách ứng xử đối với sự bỏ chạy của James. Trong khi Quốc hội Quy ước này từ chối hạ bệ ông, họ tuyên bố rằng James, vì đã lánh nạn sang Pháp và vứt bỏ ấn tín xuống dòng sông Thames, đã thực sự từ bỏ ngai vàng, và do đó ngai vàng Anh Quốc bị trống.[112] Và để ngai vàng thoát khỏi tình trạng này, con gái của James là Mary được tấn phong làm Nữ hoàng; bà sẽ cùng trị vì với chồng bà là William, người sẽ được tấn phong làm Vua. Quốc hội Scotland vào ngày 11 tháng 4 năm 1689, tuyên bố rằng vua James đã mất ngôi.[113] Quốc hội Anh cũng thông qua "Luật về các quyền" lên án James lạm dụng quyền hành. Những lời buộc tộc ông bao gồm việc ông đình chỉ các Đạo luật Khảo sát, việc ông bắt giam bảy vị Giám mục chỉ vì họ thỉnh tấu nhà vua, việc ông thiết lập một Quân đội thường trực, và việc ông gia tăng những hình phạt bạo ngược.[114] Do đó, Bộ luật cũng tuyên bố rằng, không một tín đồ Công giáo nào được phép lên kế ngôi báu Anh Quốc, hoặc không một vị Quân vương Anh Quốc nào được quyền kết hôn với một tín đồ Công giáo.[115]